Архитектурное бюро Zaha Hadid  представили вокзал на конкурсе еще в 2003 году и выиграли его, поэтому это сооружение — один из ярких прижизненных проектов самой Захи. Здание начали строить только в 2015 году, закончив первую очередь к 2017-му. Полностью станцию планируют достроить к 2022 году.

Вокзал представляет собой 450-метровый мост, который объединяет две части города. Его конструкция создана в лучших традициях дизайна Zaha Hadid: футуристическая форма и плавные изгибы, ставшие визитной карточкой бюро. В центре вокзала располагается атриум, залитый естественным солнечным светом, проникающим через стеклянные панели в потолке. Архитекторы намеренно создали конструкцию из стальных балок и прочного стекла, чтобы минимизировать потребление электроэнергии. Помимо этого, на крыше расположились солнечные батареи, а в здании — геотермальный тепловой насос и современные системы контроля температуры и вентиляции. Станция Афрагола стала не только выдающимся архитектурным сооружением, но и действительно удобным транспортным узлом. Когда все железнодорожные линии начнут функционировать, предполагается, что станция будет ежедневно обслуживать 32 700 пассажиров — примерно 12 миллионов пассажиров в год.